Během křižáckého období byl dóm svěřen augustiniánům, kteří ho změnili na kostel, a mešita Al-Aksa se stala královským palácem Baldwina I. v roce 1104. Templáři, neboli Chudí rytíři Krista a Šalomounova chrámu (řád byl jedním z největších a nejmocnějších křesťanských rytířských řádů středověku), kteří věřili, že dóm je na místě původního Šalamounova chrámu, zřídili v mešitě Al-Aksa přiléhající k Dómu svůj hlavní stan.